מטרת הרפואה הפונקציונלית היא להעלות שלב באופן ובשיטות הטיפולים עבור המטופלים, וזאת על מנת לקדם בריאות וחיוניות בצורה אפקטיבית יותר.

רפואה פונקציונלית מתמקדת בגורמי המחלה, ומטפלת בהם בגישה הוליסטית, שאינה מתנגדת או פוסלת מעורבות של גורמים נפשיים ונוספים ,המשפיעים על בריאותו של המטופל, ותוך מעורבותו בתהליך ההבראה. כלומר, בין המטפל והמטופל מתקיימת מערכת יחסים של שותפות טיפולית. הרפואה הפונקציונלית מציעה מענה מקיף ומלא יותר עבור הצרכים הבריאותיים במאה ה-21, וזאת ע”י טיפול מכוון-חולה, במקום טיפול מכוון-מחלה.

בניגוד לרפואה הקונבנציונלית, אשר מטפלת בדר”כ רק בסימפטומים של המחלה, הרפואה הפונקציונלית מטפלת באדם כולו. רופאי ומטפלי הרפואה הפונקציונלית, משקיעים זמן רב עם המטופלים שלהם, מתחשבים בהיסטוריה שלהם ולוקחים בחשבון גורמים גנטיים, אפי-גנטיים, גורמים סביבתיים, רגשיים ואת אורח החיים הכללי של המטופל. כל אלה יכולים להשפיע ואף לגרום לבריאות ארוכת שנים או לחילופין, למחלות כרוניות מורכבות. בנוסף, הטיפול ברפואה הפונקציונלית מותאם אישית לכל מטופל, וכך מסייע להשגת תוצאות הבריאות הגבוהות ביותר.

המטפלים ברפואה פונקציונלית, בוחנים את אורח החיים של המטופלים בשילוב גורמים ביוכימיים ייחודיים, כדי לזהות את הגורמים למחלה ולמצוא את הטיפולים המתאימים עבורו, בשונה מהרפואה הקונבנציונלית המערבית, אשר מתמקדת בזיהוי המחלה וטיפול בסימפטומים, על ידי מתן תרופות כלליות עבור המטופלים, ללא אבחנה אופטימלית. מודל הטיפול של הרפואה הקונבנציונלית עובד בשיטת “רפואה דחופה”, ומטרתו לאבחן באופן מהיר מחלות ולרשום תרופות או לקבוע פעילות כירורגית עבור מחלות זיהומיות, מדבקות או טראומות.

יחד עם זאת, רוב החולי בעולם המערבי, מורכב ממחלות כרוניות אשר מקורן באורח החיים של המטופלים. לצערנו, מערכת הבריאות של היום אינה מצוידת בכלים מתאימים, על מנת התמודדות עם מחלות אלו, כל זה בזמן שהתרופות אינן מרפאות את המחלה אלא מדכאות את הסימפטומים בלבד.

הרפואה הפונקציונלית מציעה גישה שונה וחדשה לבריאות. היא יעילה ונוחה כלכלית, מאחר והיא מתמקדת בניעה של המחלות ובבריאות שלמה עבור המטופלים. כך לפי הנטורופת רון יפה.